extra/benchmark/reverse-complement/reverse-complement.factor

   1 USING: io io.files io.streams.duplex kernel sequences
   2 sequences.private strings vectors words memoize splitting
   3 hints unicode.case continuations io.encodings.ascii ;
   4 IN: benchmark.reverse-complement
   5
   6 MEMO: trans-map ( -- str )
   7     256 >string
   8     "TGCAAKYRMBDHV" "ACGTUMRYKVHDB"
   9     [ pick set-nth ] 2each ;
  10
  11 : do-trans-map ( str -- )
  12     [ ch>upper trans-map nth ] change-each ;
  13
  14 HINTS: do-trans-map string ;
  15
  16 : translate-seq ( seq -- str )
  17     concat dup reverse-here dup do-trans-map ;
  18
  19 : show-seq ( seq -- )
  20     translate-seq 60 <groups> [ print ] each ;
  21
  22 : do-line ( seq line -- seq )
  23     dup first ">;" memq? [
  24         over show-seq print dup delete-all
  25     ] [
  26         over push
  27     ] if ;
  28
  29 HINTS: do-line vector string ;
  30
  31 : (reverse-complement) ( seq -- )
  32     readln [ do-line (reverse-complement) ] [ show-seq ] if* ;
  33
  34 : reverse-complement ( infile outfile -- )
  35     ascii <file-writer> [
  36         swap ascii <file-reader> [
  37             swap <duplex-stream> [
  38                 500000 <vector> (reverse-complement)
  39             ] with-stream
  40         ] with-disposal
  41     ] with-disposal ;
  42
  43 : reverse-complement-in
  44     "reverse-complement-in.txt" temp-file ;
  45
  46 : reverse-complement-out
  47     "reverse-complement-out.txt" temp-file ;
  48
  49 : reverse-complement-main ( -- )
  50     reverse-complement-in
  51     reverse-complement-out
  52     reverse-complement ;
  53
  54 MAIN: reverse-complement-main