extra/benchmark/reverse-complement/reverse-complement.factor

   1 USING: io io.files io.streams.duplex kernel sequences
   2 sequences.private strings vectors words memoize splitting
   3 grouping hints tr continuations io.encodings.ascii
   4 unicode.case ;
   5 IN: benchmark.reverse-complement
   6
   7 TR: trans-map ch>upper "ACGTUMRYKVHDB" "TGCAAKYRMBDHV" ;
   8
   9 : translate-seq ( seq -- str )
  10     concat dup reverse-here dup trans-map-fast ;
  11
  12 : show-seq ( seq -- )
  13     translate-seq 60 <groups> [ print ] each ;
  14
  15 : do-line ( seq line -- seq )
  16     dup first ">;" memq?
  17     [ over show-seq print dup delete-all ] [ over push ] if ;
  18
  19 HINTS: do-line vector string ;
  20
  21 : (reverse-complement) ( seq -- )
  22     readln [ do-line (reverse-complement) ] [ show-seq ] if* ;
  23
  24 : reverse-complement ( infile outfile -- )
  25     ascii [
  26         ascii [
  27             500000 <vector> (reverse-complement)
  28         ] with-file-reader
  29     ] with-file-writer ;
  30
  31 : reverse-complement-in ( -- path )
  32     "reverse-complement-in.txt" temp-file ;
  33
  34 : reverse-complement-out ( -- path )
  35     "reverse-complement-out.txt" temp-file ;
  36
  37 : reverse-complement-main ( -- )
  38     reverse-complement-in
  39     reverse-complement-out
  40     reverse-complement ;
  41
  42 MAIN: reverse-complement-main