basis/math/statistics/statistics-tests.factor

   1 USING: arrays assocs kernel math math.functions math.statistics sequences
   2 math.order tools.test math.vectors ;
   3 FROM: math.ranges => [a,b] ;
   4 IN: math.statistics.tests
   5
   6 { 3 } [ { 1 2 3 4 5 } 1 power-mean ] unit-test
   7 { t } [ { 1 2 3 4 5 } [ 2 power-mean ] [ quadratic-mean ] bi 1e-10 ~ ] unit-test
   8 { 1 } [ { 1 } mean ] unit-test
   9 { 0 } [ { } mean ] unit-test
  10 { 3/2 } [ { 1 2 } mean ] unit-test
  11 { 0.0 } [ { 0 0 0 } geometric-mean ] unit-test
  12 { t } [ { 2 2 2 2 } geometric-mean 2.0 .0001 ~ ] unit-test
  13 { 1.0 } [ { 1 1 1 } geometric-mean ] unit-test
  14 { t } [ 1000 1000 <array> geometric-mean 1000 .01 ~ ] unit-test
  15 { t } [ 100000 100000 <array> geometric-mean 100000 .01 ~ ] unit-test
  16 { 1/3 } [ { 1 1 1 } harmonic-mean ] unit-test
  17 { 5+1/4 } [ { 1 3 5 7 } contraharmonic-mean ] unit-test
  18 { 18 } [ { 4 8 15 16 23 42 } 0 trimmed-mean ] unit-test
  19 { 15+1/2 } [ { 4 8 15 16 23 42 } 0.2 trimmed-mean ] unit-test
  20 { 3 } [ { 1 3 3 3 3 5 } 0.2 winsorized-mean ] unit-test
  21
  22 { 0 } [ { 1 } range ] unit-test
  23 { 89 } [ { 1 2 30 90 } range ] unit-test
  24 { 2 } [ { 1 2 3 } median ] unit-test
  25 { 5/2 } [ { 1 2 3 4 } median ] unit-test
  26
  27 { 1 } [ { 1 2 3 4 } 0 kth-smallest ] unit-test
  28 { 3 } [ { 1 2 3 4 } 2 kth-smallest ] unit-test
  29
  30 { 4 } [ { 1 2 3 4 } 0 kth-largest ] unit-test
  31 { 2 } [ { 1 2 3 4 } 2 kth-largest ] unit-test
  32
  33 [ { 1 2 3 4 } 30 kth-largest ] [ bounds-error? ] must-fail-with
  34 [ { 1 2 3 4 } 2 [ [ ] compare ] kth-object ] [ bounds-error? ] must-fail-with
  35 { 3 } [ { 1 2 3 4 } 2 [ before? ] kth-object ] unit-test
  36
  37 { 1 } [ { 1 } mode ] unit-test
  38 { 3 } [ { 1 2 3 3 3 4 5 6 76 7 2 21 1 3 3 3 } mode ] unit-test
  39
  40 [ { } median ] must-fail
  41 [ { } upper-median ] must-fail
  42 [ { } lower-median ] must-fail
  43
  44 { 2 } [ { 1 2 3 4 } lower-median ] unit-test
  45 { 3 } [ { 1 2 3 4 } upper-median ] unit-test
  46 { 3 } [ { 1 2 3 4 5 } lower-median ] unit-test
  47 { 3 } [ { 1 2 3 4 5 } upper-median ] unit-test
  48
  49
  50 { 1 } [ { 1 } lower-median ] unit-test
  51 { 1 } [ { 1 } upper-median ] unit-test
  52 { 1 } [ { 1 } median ] unit-test
  53
  54 { 1 } [ { 1 2 } lower-median ] unit-test
  55 { 2 } [ { 1 2 } upper-median ] unit-test
  56 { 3/2 } [ { 1 2 } median ] unit-test
  57
  58 { 1 } [ { 1 2 3 } sample-var ] unit-test
  59 { 16 } [ { 4 6 8 10 10 12 14 16 } sample-var ] unit-test
  60
  61 { 16 } [ { 4 6 8 10 12 14 16 } population-var ] unit-test
  62 { 1.0 } [ { 7 8 9 } sample-std ] unit-test
  63 { 2/3 } [ { 7 8 9 } 0 var-ddof ] unit-test
  64 { 2/3 } [ { 7 8 9 } population-var ] unit-test
  65 { 1 } [ { 7 8 9 } 1 var-ddof ] unit-test
  66 { 1 } [ { 7 8 9 } sample-var ] unit-test
  67 { 2 } [ { 7 8 9 } 2 var-ddof ] unit-test
  68 { 0 } [ { 7 8 9 } 3 var-ddof ] unit-test
  69
  70 { t } [ { 7 8 9 } 0 std-ddof 0.816496580927726 .0001 ~ ] unit-test
  71 { t } [ { 7 8 9 } population-std 0.816496580927726 .0001 ~ ] unit-test
  72 { 1.0 } [ { 7 8 9 } 1 std-ddof ] unit-test
  73 { 1.0 } [ { 7 8 9 } sample-std ] unit-test
  74 { 1.0 } [ { 7 8 9 } sample-std ] unit-test
  75 { t } [ { 7 8 9 } 2 std-ddof 1.414213562373095 .0001 ~ ] unit-test
  76 { 0.0 } [ { 7 8 9 } 3 std-ddof ] unit-test
  77
  78 { t } [ { 1 2 3 4 } sample-ste 0.6454972243679028 - .0001 < ] unit-test
  79
  80 { t } [ { 23.2 33.4 22.5 66.3 44.5 } sample-std 18.1906 - .0001 < ] unit-test
  81
  82 { 0 } [ { 1 } sample-var ] unit-test
  83 { 0.0 } [ { 1 } sample-std ] unit-test
  84 { 0.0 } [ { 1 } sample-ste ] unit-test
  85
  86 { 2 } [ { 1 3 5 7 } mean-dev ] unit-test
  87 { 4/5 } [ { 1 3 3 3 5 } median-dev ] unit-test
  88
  89 {
  90     H{
  91         { 97 2 }
  92         { 98 2 }
  93         { 99 2 }
  94     }
  95 } [
  96     "aabbcc" histogram
  97 ] unit-test
  98
  99 { H{ { 1 1/2 } { 2 1/6 } { 3 1/3 } } }
 100 [ { 1 1 1 1 1 1 2 2 3 3 3 3 } normalized-histogram ] unit-test
 101
 102 {
 103     V{ 0 3 6 9 }
 104     V{ 1 4 7 }
 105     V{ 2 5 8 }
 106 } [
 107     10 iota [ 3 mod ] collect-by
 108     [ 0 of ] [ 1 of ] [ 2 of ] tri
 109 ] unit-test
 110
 111 { 0 } [ { 1 } { 1 } sample-cov ] unit-test
 112 { 2/3 } [ { 1 2 3 } { 4 5 6 } population-cov ] unit-test
 113
 114 { 0.75 } [ { 1 2 3 4 } dup sample-corr ] unit-test
 115 { 1.0 } [ { 1 2 3 4 } dup population-corr ] unit-test
 116 { -0.75 } [ { 1 2 3 4 } { -4 -5 -6 -7 } sample-corr ] unit-test
 117
 118 { { 1 2 4 7 } } [ { 1 1 2 3 } cum-sum ] unit-test
 119 { { 1 1 2 6 } } [ { 1 1 2 3 } cum-product ] unit-test
 120 { { 5 3 3 1 } } [ { 5 3 4 1 } cum-min ] unit-test
 121 { { 1 3 3 5 } } [ { 1 3 1 5 } cum-max ] unit-test
 122 { { 1.0 1.5 2.0 } } [ { 1.0 2.0 3.0 } cum-mean ] unit-test
 123
 124 { t }
 125 [
 126     { 6 7 15 36 39 40 41 42 43 47 49 } { 1/4 1/2 3/4 } quantile1 [ >float ] map
 127     { 15.0 40.0 43.0 } .00001 v~
 128 ] unit-test
 129
 130 { t }
 131 [
 132     { 6 7 15 36 39 40 41 42 43 47 49 } { 1/4 1/2 3/4 } quantile3 [ >float ] map
 133     { 15.0 40.0 42.0 } .00001 v~
 134 ] unit-test
 135
 136 { t }
 137 [
 138     { 6 7 15 36 39 40 41 42 43 47 49 } { 1/4 1/2 3/4 } quantile4 [ >float ] map
 139     { 13.0 39.5 42.25 } .00001 v~
 140 ] unit-test
 141
 142 { t }
 143 [
 144     { 6 7 15 36 39 40 41 42 43 47 49 } { 1/4 1/2 3/4 } quantile5 [ >float ] map
 145     { 20+1/4 40 42+3/4 } .00001 v~
 146 ] unit-test
 147
 148 { t }
 149 [
 150     { 6 7 15 36 39 40 41 42 43 47 49 } { 1/4 1/2 3/4 } quantile6 [ >float ] map
 151     { 15.0 40.0 43.0 } .00001 v~
 152 ] unit-test
 153
 154 { t }
 155 [
 156     { 6 7 15 36 39 40 41 42 43 47 49 } { 1/4 1/2 3/4 } quantile7 [ >float ] map
 157     { 25.5 40.0 42.5 } .00001 v~
 158 ] unit-test
 159
 160 { t }
 161 [
 162     { 6 7 15 36 39 40 41 42 43 47 49 } { 1/4 1/2 3/4 } quantile8 [ >float ] map
 163     { 18.5 40.0 42.83333333333334 } .00001 v~
 164 ] unit-test
 165
 166 { t }
 167 [
 168     { 6 7 15 36 39 40 41 42 43 47 49 } { 1/4 1/2 3/4 } quantile9 [ >float ] map
 169     { 18.9375 40.0 42.8125 } .00001 v~
 170 ] unit-test
 171
 172 { 0x1.02eb63cff3f8p0 } [ { 1 2 3 } entropy ] unit-test
 173
 174 { 1.0 } [ 0.5 binary-entropy ] unit-test
 175
 176 { { -4 13 -5 2 4 } } [ { 1 -3 10 5 7 11 } differences ] unit-test
 177
 178 { t t } [
 179     { 6.5 3.8 6.6 5.7 6.0 6.4 5.3 } standardize
 180     [ mean 0 1e-10 ~ ] [ sample-var 1 1e-10 ~ ] bi
 181 ] unit-test
 182
 183 { t t } [
 184     { { 1 -1 2 } { 2 0 0 } { 0 1 -1 } } standardize-2d
 185     flip
 186     [ [ mean ] map { 0 0 0 } 1e-10 v~ ]
 187     [ [ sample-var ] map { 1 1 1 } 1e-10 v~ ] bi
 188 ] unit-test
 189
 190 { { 0 0 0 } } [ { 1 1 1 } standardize ] unit-test
 191
 192 { { 0 1/4 1/2 3/4 1 } } [ 5 iota rescale ] unit-test
 193
 194
 195 {
 196     { 2 2 2 1 0 5 6 7 7 7 7 }
 197 } [
 198     { 30 30 30 20 10 40 50 60 60 60 60 } rank-values
 199 ] unit-test
 200
 201 {
 202     { 1 0 2 3 4 }
 203 }
 204 [ { 3 1 4 15 92 } rank-values ] unit-test
 205
 206 { { 1 1 2 3 3 4 } }
 207 [ { 1 2 3 3 2 3 } [ odd? ] cum-count ] unit-test
 208
 209 { { 0 0 1 2 2 3 } }
 210 [ { 1 2 3 3 2 3 } [ 3 = ] cum-count ] unit-test
 211
 212 { { 0 1 3 6 } }
 213 [ { 1 2 3 4 } cum-sum0 ] unit-test
 214
 215 {
 216     H{
 217         { 0 V{ 600 603 606 609 } }
 218         { 1 V{ 601 604 607 610 } }
 219         { 2 V{ 602 605 608 } }
 220     }
 221 }
 222 [ 600 610 [a,b] [ 3 mod ] collect-by ] unit-test
 223
 224
 225 {
 226     H{ { 0 V{ 0 3 6 9 } } { 1 V{ 1 4 7 10 } } { 2 V{ 2 5 8 } } }
 227 }
 228 [ 600 610 [a,b] [ 3 mod ] collect-index-by ] unit-test
 229
 230
 231 { { 1 } } [
 232     { 1 2 3 4 5 10 21 12 12 12 12203 3403 030 3022 2 2 }
 233     { 1/1000 } quantile5
 234 ] unit-test
 235
 236 { 15+1/2 } [ { 4 8 15 16 23 42 } trimean ] unit-test