extra/benchmark/reverse-complement/reverse-complement-test-out.txt

   1 >ONE Homo sapiens alu
   2 CGGAGTCTCGCTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCGATCTCGGCTCACTGCAAC
   3 CTCCGCCTCCCGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTACA
   4 GGCGCGCGCCACCACGCCCGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCAT
   5 GTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGACCTCAGGTGATCCGCCCGCCTCGGCCTCCCAA
   6 AGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCCGGCCTTTTTGAGACGGAGTCTCGCTC
   7 TGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCGATCTCGGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCCGG
   8 GTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTACAGGCGCGCGCCACC
   9 ACGCCCGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTG
  10 GTCTCGAACTCCTGACCTCAGGTGATCCGCCCGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTA
  11 CAGGCGTGAGCCACCGCGCCCGGCCTTTTTGAGACGGAGTCTCGCTCTGTCGCCCAGGCT
  12 GGAGTGCAGTGGCGCGATCTCGGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCCGGGTTCAAGCGATTC
  13 TCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTACAGGCGCGCGCCACCACGCCCGGCTAAT
  14 TTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTCCT
  15 GACCTCAGGTGATCCGCCCGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCA
  16 CCGCGCCCGGCCTTTTTGAGACGGAGTCTCGCTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGC
  17 GCGATCTCGGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCCGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCC
  18 TCCCGAGTAGCTGGGATTACAGGCGCGCGCCACCACGCCCGGCTAATTTTTGTATTTTTA
  19 GTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGACCTCAGGTGAT
  20 CCGCCCGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCCGGCCT
  21 TTTTGAGACGGAGTCTCGCTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCGATCTCGGCTC
  22 ACTGCAACCTCCGCCTCCCGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTG
  23 GGATTACAGGCGCGCGCCACCACGCCCGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGT
  24 TTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGACCTCAGGTGATCCGCCCGCCTCGG
  25 CCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCCGGCCTTTTTGAGACGGAG
  26 TCTCGCTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCGATCTCGGCTCACTGCAACCTCCG
  27 CCTCCCGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTACAGGCGC
  28 GCGCCACCACGCCCGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTGG
  29 CCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGACCTCAGGTGATCCGCCCGCCTCGGCCTCCCAAAGTGC
  30 TGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCCGGCCTTTTTGAGACGGAGTCTCGCTCTGTCG
  31 CCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCGATCTCGGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCCGGGTTCA
  32 AGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTACAGGCGCGCGCCACCACGCC
  33 CGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTC
  34 GAACTCCTGACCTCAGGTGATCCGCCCGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGC
  35 GTGAGCCACCGCGCCCGGCC
  36 >TWO IUB ambiguity codes
  37 TAGGDHACHATCRGTRGVTGAGWTATGYTGCTGTCABACDWVTRTAAGAVVAGATTTNDA
  38 GASMTCTGCATBYTTCAAKTTACMTATTACTTCATARGGYACMRTGTTTTYTATACVAAT
  39 TTCTAKGDACKADACTATATNTANTCGTTCACGBCGYSCBHTANGGTGATCGTAAAGTAA
  40 CTATBAAAAGATSTGWATBCSGAKHTTABBAACGTSYCATGCAAVATKTSKTASCGGAAT
  41 WVATTTNTCCTTCTTCTTDDAGTGGTTGGATACVGTTAYMTMTBTACTTTHAGCTAGBAA
  42 AAGAGKAAGTTRATWATCAGATTMDDTTTAAAVAAATATTKTCYTAAATTVCNKTTRACG
  43 ADTATATTTATGATSADSCAATAWAGCGRTAGTGTAAGTGACVGRADYGTGCTACHVSDT
  44 CTVCARCSYTTAATATARAAAATTTAATTTACDAATTGBACAGTAYAABATBTGCAGBVG
  45 TGATGGDCAAAATBNMSTTABKATTGGSTCCTAGBTTACTTGTTTAGTTTATHCGATSTA
  46 AAGTCGAKAAASTGTTTTAWAKCAGATATACTTTTMTTTTGBATAGAGGAGCMATGATRA
  47 AAGGNCAYDCCDDGAAAGTHGBTAATCKYTBTACBGTBCTTTTTGDTAASSWTAAWAARA
  48 TTGGCTAAGWGRADTYACATAGCTCBTAGATAWAGCAATNGTATMATGTTKMMAGTAWTC
  49 CCNTSGAAWATWCAAAAMACTGAADNTYGATNAATCCGAYWNCTAACGTTAGAGDTTTTC
  50 ATCTGGKRTAVGAABVCTGWGBTCTDVGKATTBTCTAAGGVADAAAVWTCTAGGGGAGGG
  51 TTAGAACAATTAAHTAATNAAATGCATKATCTAAYRTDTCAGSAYTTYHGATRTTWAVTA
  52 BGNTCDACAGBCCRCAGWCRTCABTGMMAWGMCTCAACCGATRTGBCAVAATCGTDWDAA
  53 CAYAWAATWCTGGTAHCCCTAAGATAACSCTTAGTGSAACAWTBGTCDTTDGACWDBAAC
  54 HTTTNGSKTYYAAYGGATNTGATTTAARTTAMBAATCTAAGTBTCATYTAACTTADTGTT
  55 TCGATACGAAHGGCYATATACCWDTKYATDCSHTDTCAAAATGTGBACTGSCCVGATGTA
  56 TCMMAGCCTTDAAABAATGAAGAGTAACTHATMGVTTAATAACCCGGTTVSANTGCAATT
  57 GTGAGATTTAMGTTTAMAAYGCTGACAYAAAAAGGCACAMYTAAGVGGCTGGAABVTACG
  58 GATTSTYGTBVAKTATWACCGTGTKAGTDTGTATGTTTAAAGGAAAAAGTAACATARAAA
  59 GGTYCAMNYAAABTATAGNTSATANAGTCATCCTATWADKAACTRGTMSACDGTATSAYT
  60 AAHSHGTAABYGACTYTATADTGSTATAGAGAAATCGNTAAAGGAAATCAGTTGTNCYMV
  61 TNACDRTATBNATATASTAGAAMSCGGGANRCKKMCAAACATTNAGTCTRMAATBMTACC
  62 CGTACTTCTBGDSYAATWGAAAATGACADDCHAKAAAYATATTKTTTTCACANACWAGAA
  63 AKATCCTTATTAYKHKCTAAACARTATTTTDATBTVWCYGCAATACTAGGKAAASTTDGA
  64 MGGCHTTHAATVCAHDRYAGGRCTATACGTCMAGAGAGCTBTHGNACARTCCBDCTAAGA
  65 GCGGCTTTARTAAAGAATCCNAGTAWBTGACTTGAATTACWTVACAGAAABCAATNAAAC
  66 CGTNTRANTTGAYCMAWBADTANABRGGTKTHTWTAGTTVCTMBKTAGMTVKCCAGCANT
  67 TVAGSWTTAGCCGCRHTTTCCTTHNTATTAAGAAGAATAGGMTRAARTCTABGTACDTTT
  68 TATAAVDHAHTATAGATCCTAGTAAGYTWATDWCATGAGGGATAGTAAMDMNGBASTWAM
  69 TSTATRBAYDABATGTATATYCGCACTGTTTTAACMCWBTATAWAGTATBTSTATVTTAR
  70 CCTMTTAAKADATCAACTAATYTSVTAKGDATTATGCKTCAYCAKAATACTTKAANGAGT
  71 ATTSDAGATCGGAAATACTTAAYAAVGTATMCGCTTGTGTDCTAATYTATTTTATTTWAA
  72 CAGWRCTATGTAGMTGTTTGTTYKTNGTTKTCAGAACNTRACCTACKTGSRATGTGGGGG
  73 CTGTCATTAAGTAAATNGSTTABCCCCTCGCAGCTCWHTCGCGAAGCAVATGCKACGHCA
  74 ACAKTTAATAACASAAADATTWNYTGTAATTGTTCGTMHACHTWATGTGCWTTTTGAAHY
  75 ACTTTGTAYAMSAAACTTAADAAATATAGTABMATATYAATGSGGTAGTTTGTGTBYGGT
  76 TWSGSVGWMATTDMTCCWWCABTCSVACAGBAATGTTKATBGTCAATAATCTTCTTAAAC
  77 ARVAATHAGYBWCTRWCABGTWWAATCTAAGTCASTAAAKTAAGVKBAATTBGABACGTA
  78 AGGTTAAATAAAAACTRMDTWBCTTTTTAATAAAAGATMGCCTACKAKNTBAGYRASTGT
  79 ASSTCGTHCGAAKTTATTATATTYTTTGTAGAACATGTCAAAACTWTWTHGKTCCYAATA
  80 AAGTGGAYTMCYTAARCSTAAATWAKTGAATTTRAGTCTSSATACGACWAKAASATDAAA
  81 TGYYACTSAACAAHAKTSHYARGASTATTATTHAGGYGGASTTTBGAKGATSANAACACD
  82 TRGSTTRAAAAAAAACAAGARTCVTAGTAAGATAWATGVHAAKATWGAAAAGTYAHVTAC
  83 TCTGRTGTCAWGATRVAAKTCGCAAVCGASWGGTTRTCSAMCCTAACASGWKKAWDAATG
  84 ACRCBACTATGTGTCTTCAAAHGSCTATATTTCGTVWAGAAGTAYCKGARAKSGKAGTAN
  85 TTTCYACATWATGTCTAAAADMDTWCAATSTKDACAMAADADBSAAATAGGCTHAHAGTA
  86 CGACVGAATTATAAAGAHCCVAYHGHTTTACATSTTTATGNCCMTAGCATATGATAVAAG
  87 >THREE Homo sapiens frequency
  88 ATATTTATCTTTTCACTTCCTACATTGGTCAGACCATTATTCGACACGTGGCGTCATTTT
  89 GTCATACCGGGTAATGTTGGAAACAAAACGTACTGATAAAATACTGAGTTGTAAACTCTA
  90 ATCAGATAACGCGCTTGGATATTAAGATTCACACAGGGGTTTCGGCTGTAAAAAAACTTG
  91 TGGAGCTGTTCTGGGACAGATAAGTTGTACCTCGTACTTAGCTAATTAATGAACCAACTG
  92 ATTACGATAGAACAATTCTGAGGCCGCCAGGACAGCCAAATTTTAATCTTATAAAGCTGG
  93 AAACAGCCGGTATTAGCTTCTCGCATACTTTGCCTGCATTGGTACCTTACAGATATCAGC
  94 GTAGTCATATACACCTCGGTCTCAGCTAAGCTTGTATCTCTTAGAGTAGTTCAAAGATAG
  95 TGGACAATACCTGTGGAATCGATTGCAGATATGGATTTATTTAACTACTGAGTCTCATTC
  96 ACAAGCTAAGCAAGGAGCACGTTTTGGTGCCGGCATACCGATTTGCTATCATGTCAGCAA
  97 ATTTGCGTTGTATTCCTAGTTGCACCCATTAAGGCCACACTCCGAACCTAATTATTACAT
  98 CGCAAAGACATGTACGAAGGACCCGATGTCGAATAGAAGGGAGGACTGTTCATTGGAAGC
  99 TAGACCAGAGGAATCGCAAAGATGCAACTCTTACAATAAAAATCTAATTTCAGTCAACAC
 100 GCAATTTCTATAAGGTTTCCGATAATAATGAACCGTCTTCCACAGGGGAATTTGCCATGC
 101 TCGTAAAAGTAGTTAATCCAAGTAGAAGAAATTTTGATAATGTTTTAAGTTGGCACGAAG
 102 GAATTCAGAGAGATCTTACCTAACAAAGGCATTAGTAGATGTTCCTTGGTTCACACTCGG
 103 TCAATCAGAGCACATACTACGGGCGATACCGGGAATGACACAACATCAATGAGATTGTTA
 104 AGTGAGGTAATTGACTTTAGAGGACTCGATCAGTATACTGTCACTATGAACATCGTATTA
 105 ATTGTTATCCGATATATACACCACCGATTTGCTTGTGCAAGGTTACAGACCCATTCGATA
 106 AATACAAACACGGAGCGATATTATTTAAGGAGTGCTGTCTTCAAAAGAATTATTCCCACA
 107 CCGACATAAGAACTTCGCTCCGTCATTCCAGATTTAAATAACATAACGTAACGCTTTGCT
 108 GATAACATAACATAACCGAGAATTTGCTTAGGAAATTTGGAGCAATATTGCATTGTTTCT
 109 CAGTCATCACAAGGCCCGCCAAAGAACTCTGAGAATCAGGATTCAACATGATTGGTAAGA
 110 CTCTATATATATAACTTAATTCTTGTGTCCGGAGATAGAAAGAGGACGAGAGATACTACG
 111 AAAGAAAGTGTACTTCGATGTATCAATTCAGACGCCTTCTCTATCATCAACATTATAGGT
 112 CTCGTATATGCTCGGCGCGATCTGCTTCTCTCCGCCAATAGCCCCATAGTGTATTTCAAG
 113 CGCAGTAACAGTGAAATCGTTACGAAGGTAGGGATGTTGCTTATAATTGTCGTAACTTAT
 114 CGCTTATGTATCTTTCAAGAATGAACGGCAGCATATACATACGTTCTACCTTTAGCTACA
 115 AAGCATCCATATACTCCCTCTCATGATTGAAACTCTTCCCTATTTTGTAGCCAATAGTGA
 116 AAGCGTATTAGTATAAATTCGTCGGTTTTTCACTCGCAACTGTTATACTCTGCAAACAAA
 117 CGAAAGCCTCATAGTACAAACCTAAAGCTACATACTTCATCATTGGCAGACCAGTGGCGG
 118 TATTTCTACGGAAGCATCACTATAGATATAAAGTTTCCCTTCATGTACGTCTGTTAACCA
 119 TATCACAAGAAACTGCTATCTCTGTCACGTAACAATTCACGCGCCTTATCGCCAAATGTT
 120 CATATATGCGCGGTATACGTATGAACGAATACTAATTAGTATAACGGAGGATTCACGGGA
 121 GGGATACTTGGGGCATTTATAAATCGTCTAAAAATTTTCTATCAGCACTTGCGGGTTATA
 122 GTGGATTACTAGGCAACATAATATTCTGTATTGGTCCAAATGACGCTATAGATAAATTAG
 123 CAAAATACATTGTTTCCATTTATGTAAGTCGAAACTCCAGGACTCCCGGGAACCAGTTAA
 124 ACCGTCTGGAAAAGACACATTGTGAGCGGGACTTCAATGATAGCTTTCAATGAGCTTCTC
 125 ATGCTTGGGGTCTGTACATATATGTTGGCGAAATTATCGTCTGTATTCTGTTATGCTTTG
 126 ATCATGGGTTATTAGTATAGTGTCCGGTTAAGTACCAATACCGCTAGAGACCCGACCTAA
 127 GTCGATAACTAACGATCATCGACGTAAGGATCGTCTCGATCAGTACTTCAGTCTAGATCT
 128 GGGAATAGTAACTCGTTAGTGAACTATGTCGTGTCATAACTCTAAAATGCAATCAAATCT
 129 TATTATTGAGTATTGATTATATAAAGCATCCGCTTAGCTTTACCCTCAAATGTTATATGC
 130 AATTTAAAGCGCTTGATATCGTCTACTCAAGTTCAGGTTTCACATGGCCGCAACGTGACG
 131 TTATTAGAGGTGGGTCATCATCTCTGAGGCTAGTGATGTTGAATACTCATTGAATGGGAA
 132 GTGGAATACCATGCTCGTAGGTAACAGCATGACCTATAAAATATACTATGGGTGTGTGGT
 133 AGATCAATATTGTTCAAGCATATCGTAACAATAACGGCTGAAATGTTACTGACATGAAAG
 134 AGGGAGTCCAAACCATTCTAACAGCTGATCAAGTCGTCTAAAAACGCCTGGTTCAGCCTT
 135 AAGAGTTATAAGCCAGACAAATTGTATCAATAGAGAATCCGTAAATTCCTCGGCCAACCT
 136 CTTGCAAAGACATCACTATCAATATACTACCGTGATCTTAATTAGTGAACTTATATAAAT
 137 ATCTACAACCAGATTCAACGGAAAAGCTTTAGTGGATTAGAAATTGCCAAGAATCACATT
 138 CATGTGGGTTCGAATGCTTTAGTAATACCATTTCGCCGAGTAGTCACTTCGCTGAACTGT
 139 CGTAAATTGCTATGACATAATCGAAAAGGATTGTCAAGAGTCGATTACTGCGGACTAATA
 140 ATCCCCACGGGGGTGGTCTCATGTCTCCCCAGGCGAGTGGGGACGGTTGATAAACACGCT
 141 GCATCGCGGACTGATGTTCCCAGTATTACATAGTCACATTGGATTGCGAGTAGTCTACCT
 142 ATTTATGAGCGAGAGATGCCTCTAACTACTTCGACTTTTAAAACCTTTCCACGCCAGTAT
 143 TCGGCGAAAGGGAAGTATTAAGGGTTGTCATAATTAAGCTGATACCACTTCAGACTTTGC
 144 TCTACTTCTGTCTTTCATTGGTTTAGTAAAGTCTGTCCATTCGTCGAGACCGTCTTTTGC
 145 AGCCTCATTCTACCAACTGCTCCGACTCTTAGTCTGCTTCTCCCAGCGTTATAACAAGAG
 146 GCATTTTGTCATCCTTAAAACAATAATAAAGAACTCGGAGCACTGATATAATGACTGAAT
 147 TAGAACCGCTTAAAAATACAACGAATAGATAAGACTATCGGATAAGATCTAATATGTAGT
 148 GATTAAGCCCTTTATTAATTAATAATAGTTACCCTTTCTGATGTAACGCGACATATTACG
 149 ATTTAGTGGCACGTCTGAATTGCAAAGCAGATCTCTACCCGATTTTTATTATAAATCCCG
 150 TATACATCTTGACTTGAGTAATTGTTCATCTTTTTATATCTCTTCGTACTACAAATAATT
 151 AATATCTCAACCCGTATTGTGTGATTCTAATTACCAACAGAATACGAGGAGGTTTTTGCT
 152 TAGGGCCATATATAATGAATCTATCTCGTTTATTCGCGGAACCCGAGATAACATTACGAT
 153 GTAACTATTTTAGAGAACTTAATACAAGAAACATTGCTGATTACTCATAACTAAATGCTT
 154 GGTAATATATCCTCAGTGCCCCTACCATCTTTTACGCAGGGATGTAATTACTTAGGATTC
 155 ATTGTGTAAGAATTACAATGAACGATGGATATGAAGGCATGTTGCGAGGTGTTCCTTGGT
 156 ATGTGAAGTTCGCAGGGCAACAAAAATTTCGCAGAATAGGCCTCAAAGTATTGGTAAAGA
 157 AGACAACTAATCATCACGAGCTTCTGATATCAATACGAACGAGTCCTGTGATGGATGAAA
 158 GAAAGTCGTATCGAAAATGTCAAGAGTCTGCCCAATGTAACTTACTTCAAAAAATAACGC
 159 TTCCGCCAAGTACGTTCGAATAAACGTAATTTTAAAAATACATAAGGGGTGTTAGAAAGT
 160 AAGCGACGGGATATAAGTTAGACTCAAGATTCCGCCGTAAAACGAGACTGATTCCGAAGA
 161 TTGTTCGTGGATCTGGTCATGACTTTCACTGAGTAAGGAGTTTCGACATATGTCAATAAA
 162 CACAAAAATAGAAGCTATTCGATCTGAAAAATATTAGGACAAGAAACTATCTCACGCTAG
 163 CCCAGAATATTCACTCACCCACGGGCGATACTAAAGCACTATATAGTCGCGTGATTACTA
 164 TACATATGGTACACATAAGAATCACGATCAGGTTCTCAATTTTCAACAATATATGTTTAT
 165 TTGCATAGGTAATATTAGGCCTTTAAGAGAAGGATGGGTGAGATACTCCGGGGATGGCGG
 166 CAATAAAGAAAAACACGATATGAGTAATAGGATCCTAATATCTTGGCGAGAGACTTAAGG
 167 TACGAATTTTGCGCAATCTATTTTTTACTTGGCCAGAATTCATGTATGGTATAAGTACGA
 168 ACTTTTTTGATCACTTTCATGGCTACCTGATTAGGATAGTTTGAGGAATTTCCCAAATAT
 169 ACCGATTTAATATACACTAGGGCTTGTCACTTTGAGTCAGAAAAAGAATATAATTACTTA
 170 GGGTAATGCTGCATACATATTCTTATATTGCAAAGGTTCTCTGGGTAATCTTGAGCCTTC
 171 ACGATACCTGGTGAAGTGTT