extra/benchmark/reverse-complement/reverse-complement.factor

   1 USING: io io.files io.streams.duplex kernel sequences
   2 sequences.private strings vectors words memoize splitting
   3 hints ;
   4 IN: benchmark.reverse-complement
   5
   6 MEMO: trans-map ( -- str )
   7     256 >string
   8     "TGCAAKYRMBDHV" "ACGTUMRYKVHDB"
   9     [ pick set-nth ] 2each ;
  10
  11 : do-trans-map ( str -- )
  12     [ ch>upper trans-map nth ] change-each ;
  13
  14 HINTS: do-trans-map string ;
  15
  16 : translate-seq ( seq -- str )
  17     concat dup reverse-here dup do-trans-map ;
  18
  19 : show-seq ( seq -- )
  20     translate-seq 60 <groups> [ print ] each ;
  21
  22 : do-line ( seq line -- seq )
  23     dup first ">;" memq? [
  24         over show-seq print dup delete-all
  25     ] [
  26         over push
  27     ] if ;
  28
  29 HINTS: do-line vector string ;
  30
  31 : (reverse-complement) ( seq -- )
  32     readln [ do-line (reverse-complement) ] [ show-seq ] if* ;
  33
  34 : reverse-complement ( infile outfile -- )
  35     <file-writer> >r <file-reader> r> <duplex-stream> [
  36         500000 <vector> (reverse-complement)
  37     ] with-stream ;
  38
  39 : reverse-complement-main ( -- )
  40     "extra/benchmark/reverse-complement/reverse-complement-test-in.txt"
  41     "extra/benchmark/reverse-complement/reverse-complement-test-out.txt"
  42     [ resource-path ] 2apply
  43     reverse-complement ;
  44
  45 MAIN: reverse-complement-main