extra/benchmark/reverse-complement/reverse-complement.factor

   1 ! Copyright (C) 2006, 2008 Slava Pestov.
   2 ! See http://factorcode.org/license.txt for BSD license.
   3 USING: ascii grouping hints io io.encodings.ascii io.files
   4 io.files.temp kernel sequences strings tr vectors ;
   5 IN: benchmark.reverse-complement
   6
   7 TR: trans-map ch>upper "ACGTUMRYKVHDB" "TGCAAKYRMBDHV" ;
   8
   9 : translate-seq ( seq -- str )
  10     concat reverse! dup trans-map-fast ;
  11
  12 : show-seq ( seq -- )
  13     translate-seq 60 group [ print ] each ;
  14
  15 : do-line ( seq line -- seq )
  16     dup first ">;" member-eq?
  17     [ over show-seq print dup delete-all ] [ suffix! ] if ;
  18
  19 HINTS: do-line vector string ;
  20
  21 : reverse-complement ( infile outfile -- )
  22     ascii [
  23         ascii [
  24             500,000 <vector>
  25             [ do-line ] each-line
  26             show-seq
  27         ] with-file-reader
  28     ] with-file-writer ;
  29
  30 : reverse-complement-in ( -- path )
  31     "reverse-complement-in.txt" temp-file ;
  32
  33 : reverse-complement-out ( -- path )
  34     "reverse-complement-out.txt" temp-file ;
  35
  36 : reverse-complement-benchmark ( -- )
  37     reverse-complement-in
  38     reverse-complement-out
  39     reverse-complement ;
  40
  41 MAIN: reverse-complement-benchmark